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农村自建房可以用来注册公司。只要房屋合法，产权明晰，并且得到了当地有关部门的允许，就可以将农村自建房作为公司的注册地址。
不过，还需要注意以下几点：
1、房屋必须是合法建筑，不能是违章建筑或者未取得相关批准的文件。
2、注册公司的流程中需要进行产权核实，所以必须确保房屋的产权明晰，避免产权纠纷。
3、在某些地区，可能还需要得到村委会或相关部门的批准才能将农村自建房作为注册地址，在决定之前，最好先了解当地的具体政策和规定。
综上，想要在农村自建房上注册公司，应确保满足上述条件，并提前了解当地的相关政策和规定，如有更多疑问，建议咨询专业的法律或财务顾问。